Laboratorium Mikrobiologi merupakan salah satu laboratorium di Departemen Proteksi Tanaman yang diperuntukkan tidak hanya menjadi laboratorium pendidikan, tetapi juga laboratorium penelitian. Laboratorium ini dikhususkan untuk meneliti keanekaragaman mikroorganisme pada tanaman terutama dari kelompok bakteri, yang meliputi mikroba perakaran, endofit, patogen penyakit tanaman dan antagonis serta interaksi fisiologis senyawa yang terlibat dalam interaksi tersebut.
Kepala laboratorium: Dr. Jumsu Trisno, SP., M.Si